ห้องนิทรรศการสมุนไพรจีน ประกอบด้วย 5 โซน ดังนี้
โซน 1 : เต้าตี้เย่าไฉ (道地药材)
โซน เต้าตี้เย่าไฉ (道地药材) เป็นโซนที่แสดงข้อมูลของแหล่งผลิตสมุนไพรจีนที่มีคุณภาพในสาธารณรัฐประชาชนจีน ทั้งหมด 10 เขต โดยแต่ละเขตจะมีสมุนไพรที่ขึ้นชื่อเรียกว่า เต้าตี้เย่าไฉ ซึ่งเป็นสมุนไพรที่มีคุณภาพและมีสรรพคุณเป็นที่ยอมรับกันในสากลว่า ดีกว่าสมุนไพรชนิดเดียวกันจากแหล่งผลิตอื่น
โซน 2 : จงเย่าเผาจื้อ (中药炮制)
โซน จงเย่าเผาจื้อ (中药炮制) โดย เผาจื้อ หมายถึง กระบวนการแปรรูปวัตถุดิบสมุนไพร หรือที่เรียกว่า เย่าไฉ (药材) ให้เป็นตัวยาพร้อมใช้ หรือที่เรียกว่า อิ่นเพี่ยน (饮片) ครอบคลุมตั้งแต่วิธีเบื้องต้นจนถึงวิธีเฉพาะ ถือเป็นศาสตร์เอกลักษณ์ของการแพทย์แผนจีน โดยมีจุดประสงค์เพื่อให้ตัวยามีคุณสมบัติตรงตามที่ต้องการ โดยการเผาจื้อจะมีหลายวิธี ต้องเลือกใช้ให้ถูกต้องและเหมาะสม
โซน 3 : สมุนไพรไทย - จีน (泰中药)
ประเทศไทยและสาธารณรัฐประชาชนจีน มีการติดต่อค้าขายกันมายาวนานมากแล้ว โดยภาคตะวันตกเฉียงใต้และภาคใต้ของจีนและไทยมีสภาพภูมิประเทศและภูมิอากาศคล้ายคลึงกัน จึงมีการใช้สมุนไพรบางชนิดที่เหมือนกัน ซึ่งอาจจะมีสรรพคุณเหมือนหรือต่างกันตามศาสตร์การแพทย์ของแต่ละประเทศ แพทย์แผนไทยใช้สมุนไพรจีนหลายชนิดเป็นเครื่องยาในตำรับยาไทย เช่น ชะเอมเทศ (甘草)(กันเฉ่า) โกฐเขมา (苍术)(ชังจู๋) โกฐหัวบัว (川芎)(ชวนซยง) โกฐเชียง (当归尾)(ตังกุยเหว่ย) คำฝอย (红花)(หงฮวา) เป็นต้น
โซน 4 สมุนไพรที่จำกัดการใช้ในยาแผนโบราณ (传统医学中有特殊规定的药品)
สมุนไพรที่ใช้ในการแพทย์แผนจีนบางชนิด เป็นชนิดที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา กระทรวงสาธารณสุข ไม่อนุญาตให้ใช้ หรือจำกัดปริมาณการใช้ในตำรับยาแผนโบราณ ผู้ปฏิบัติหน้าที่ด้านการแพทย์แผนจีนจำเป็นต้องทราบ
โซน 5 : สัตว์วัตถุ ธาตุวัตถุ และอื่นๆ (动物、矿物等药)
ประกอบด้วย สัตว์วัตถุ ธาตุวัตถุ พืชวัตถุอื่น ๆ และสิ่งสกัดจากพืช ซึ่งผู้ใช้สมุนไพรควรรู้จักว่าสมุนไพรแต่ละชนิดได้จากส่วนใดของพืชหรือสัตว์ เป็นแร่ธาตุที่ได้จากธรรมชาติหรือจากการสังเคราะห์ ต้องรู้จักลักษณะรูปร่าง สี กลิ่น และรส เพื่อให้สามารถใช้สมุนไพรได้ถูกชนิด
คลังยาหัวเฉียวแพทย์แผนจีน
เป็นสถานที่จัดเก็บสมุนไพรที่ได้มาตรฐาน มีการจัดการที่เหมาะสมกับลักษณะของสมุนไพร เพื่อรักษาคุณภาพที่ดีและคงความสดใหม่ของสมุนไพรอยู่เสมอ โดยมีห้องนิทรรศการสมุนไพรจีน ในชั้นที่ 1 เปิดบริการให้ผู้ที่สนใจเข้ามาศึกษาข้อมูลเกี่ยวกับสมุนไพรจีน
อาคารแปรรูปสมุนไพรจีน
เป็นสถานที่แปรรูปสมุนไพรจีน (เผาจื้อ) ที่ใช้ในคลินิกหัวเฉียวแพทย์แผนจีน รวมถึงเป็นสถานที่จัดสาธิตการแปรรูปสมุนไพรจีนเบื้องต้นที่สามารถนำไปประยุกต์ใช้ทางคลินิกได้
อาคาร 6 ชั้น (โครงการอยู่ในระหว่างดำเนินการ)
อาคาร 6 ชั้น จะประกอบไปด้วย ห้องประชุมและฝึกอบรม หอประวัตศาสตร์มูลนิธิป่อเต็กตึ๊ง พิพิธภัณฑ์การแพทย์แผนจีน คลินิกการแพทย์แผนจีน เพื่อเป็นศูนย์การเรียนรู้สมุนไพรจีนและการแพทย์แผนจีน